Bangunan Pintu ketiga

Ruangan/Pintu ketiga merupakan bekas tempat tidur Sunan Kalijaga yang ditutup dengan kelambu. Pada sebelah barat bangunan terdapat makam pengikut dan kerabat Sunan Kalijaga. Bagian ini dibatasi dengan kuta kosod (susunan bata merah).

Bangunan Pintu Kedua

Ruang kedua merupakan tempat beberapa makam kuno, dapat juga digunakan untuk memanjatkan doa.

Bangunan Pintu Pertama

Bangunan ini berdenah bentuk huruf L terdiri tiga ruangan. Ruangan pertama merupakan tempat bagi para peziarah untuk memanjatkan doa, yang dapat dimasuki melalui pintu pertama yang disebut pintu bacem.